Это винда 100%. Первый вариант просто ждать, может сам отключиться, но смысл ждать больше 5 минут не вижу. Второй вариант перед выключением поубивать в диспетчере задач все возможные процессы, и посмотреть как выключиться. Если выключиться нормально, тогда левый процесс приложений виноват, ищи путем исключения. Если же останется трабла, тогда это системный процес или служба. Попробуй кстати основательно почистить реестр. Может там устаревший ключ портит процесс выключения. Короче, вариантов миллион, нужно делать по одному и смотреть как себя поведёт.